В Ставропольском государственном аграрном университете постоянно развивается и совершенствуется научная инфраструктура. Под руководством и.о проректора по научной и инновационной работе кандидата ветеринарных наук, доцента Морозова Виталия Юрьевича научно-инновационную задачу решают: Научно-инновационный учебный центр, отдел докторантуры и аспирантуры, Cовет молодых ученых, Научная библиотека, Музей истории университета, Издательско-полиграфический комплекс «АГРУС», Пресс-служба, Учебно-опытное хозяйство, Теплично-оранжерейный комплекс, технопарк «УниверАгро» и другие инновационные центры и лаборатории.
Структурные подразделения, ответственные за организацию научно-исследовательской и инновационной деятельности, призваны обеспечить интеграцию образования, науки и производства в рамках реализации инновационной модели образовательно-научно-производственного кластера для формирования эффективной системы подготовки кадров аграрного сектора экономики России.