Подготовка научных и научно-педагогических кадров высшей квалификации в Ставропольском государственном аграрном университете осуществляется по 35 специальностям аспирантуры и 8 специальностям докторантуры через обучение в очной и заочной аспирантуре, докторантуре, а также путем подготовки диссертаций на соискание ученой степени кандидата и доктора наук в форме соискательства.
План приема в аспирантуру и докторантуру устанавливается контрольными цифрами Департамента научно-технологической политики и образования Министерства сельского хозяйства Российской Федерации, которые напрямую зависят от эффективности ее работы, и выполняется на 100 %. По сравнению с 2005 г. численность аспирантов в 2009 г. увеличилась в 1,5 раза. За последние 5 лет университет подготовил 332 кандидата и 33 доктора наук. Среди выпускников – политики, руководители, специалисты различных отраслей народного хозяйства, преподаватели образовательных учреждений, работники коммерческих и государственных банков. В настоящее время в аспирантуре обучается 370 человек (из них 226 – в очной аспирантуре), в докторантуре – 6 человек. Соискателей ученой степени кандидата и доктора наук – 76 человек.
С 2005 г. именными стипендиатами стали 11 аспирантов: получали стипендию Президента РФ – Н. Ю. Хасай, Е. А. Шевченко (2005, 2006 гг.), Р. В. Дебелый; Правительства РФ – М. С. Сигида (2006, 2007 гг.), Д. И. Грицай, Е. В. Кулаев, Н. В. Шишкова; Российского аграрного движения – М. Ю. Казаков, А. А. Мохрин, А. Н. Симикин, О. Г. Сапожникова. В университете функционируют 5 докторских диссертационных советов, которые принимают к защите диссертации по 10 специальностям. Диссертационные советы присуждают ученую степень в области биологических, ветеринарных, сельскохозяйственных, экономических и технических наук.